治療生殖器疣的方法有藥物治療、物理治療、手術治療、免疫治療、中醫治療等。
1. 藥物治療：適用於疣體較小、不宜採用物理治療的情況。常用藥物如鬼臼毒素酊，可抑制疣體細胞有絲分裂，促使疣體壞死脫落；咪喹莫特乳膏，能誘導機體產生免疫反應，發揮抗病毒作用，達到清除疣體目的。
2. 物理治療：是較為常用的方法。冷凍治療利用液氮低溫使疣體組織壞死脫落；激光治療通過高溫碳化疣體；電灼治療則借助高頻電流破壞疣體組織，這些方法能快速去除可見疣體。
3. 手術治療：對於疣體較大、藥物和物理治療效果不佳時可採用。如疣體切除術，直接將疣體完整切除，能有效去除病變組織，但術後可能會留下瘢痕。
4. 免疫治療：通過調節機體免疫系統來對抗病毒。如干擾素，可增強機體免疫細胞活性，提高抗病毒能力，降低復發幾率。
5. 中醫治療：中醫多采用清熱解毒、燥濕除疣的中藥進行治療，可口服中藥湯劑，也可採用中藥坐浴等外治方法，從整體調節機體狀態，達到治療目的。
治療生殖器疣後要保持患處清潔乾燥，避免搔抓以防感染。治療期間應避免性生活，防止交叉感染。同時，要注意休息，加強營養，適當鍛鍊，增強自身免疫力。嚴格按照醫生的囑咐定期復查，以便及時發現復發並進行處理。
