治療生殖器皰疹的藥物有阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋、膦甲酸鈉、西多福韋等。
1. 阿昔洛韋：是治療生殖器皰疹的常用藥物，能抑制病毒DNA多聚酶，阻礙病毒DNA合成，從而達到抗病毒效果。可口服給藥，對於初發生殖器皰疹，一般療程為7 - 10天；對於頻繁復發者，需長期抑制治療，可減少復發次數。
2. 伐昔洛韋：是阿昔洛韋的前體藥物，口服後迅速吸收並轉化為阿昔洛韋發揮作用。生物利用度高，服用方便，療效與阿昔洛韋相似，但用藥次數相對較少，同樣適用於初發和復發性生殖器皰疹的治療。
3. 泛昔洛韋：在體內代謝為有活性的噴昔洛韋，對單純皰疹病毒有良好的抑製作用。其抗病毒譜與阿昔洛韋相似，可有效緩解生殖器皰疹症狀，縮短病程，減少病毒排放時間。
4. 膦甲酸鈉：主要用於對阿昔洛韋耐藥的病毒感染。通過抑制病毒DNA多聚酶的焦磷酸結合部位，阻止病毒核酸合成。通常採用靜脈滴注給藥，使用時需注意監測不良反應。
5. 西多福韋：對多種DNA病毒有抑製作用，可用於治療耐阿昔洛韋的單純皰疹病毒感染。一般為靜脈注射給藥，不過其不良反應相對較多，使用時需謹慎評估。
治療生殖器皰疹需嚴格按醫囑用藥，足量、足療程治療，不可自行增減藥量或停藥。治療期間應保持患處清潔、乾燥，避免性生活，防止交叉感染。同時，要注意休息，加強營養，增強機體免疫力，以促進疾病康復。
