基孔肯雅熱引發腦炎可通過一般治療、藥物治療、對症治療、康復治療、手術治療等。
1. 一般治療：基孔肯雅熱引發腦炎時，一般治療很關鍵。需讓患者臥床休息，保證充足睡眠，利於身體恢復。同時提供營養豐富、易消化的食物，維持身體能量需求。保持病房安靜、舒適，減少外界刺激，避免患者情緒波動，防止加重病情。營造良好的治療環境，有助於患者身體機能的恢復，為後續治療奠定基礎。
2. 藥物治療：遵醫囑使用利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊。基孔肯雅熱是由病毒感染引發，這些藥物具有抗病毒作用。利巴韋林顆粒能抑制病毒的複製過程；阿昔洛韋片可干擾病毒DNA多聚酶，阻礙病毒DNA合成；更昔洛韋膠囊能在細胞內轉化為活性產物，抑制病毒的繁殖，從而控制病毒在體內的擴散，減輕對腦部的損害。
3. 對症治療：針對基孔肯雅熱引發腦炎出現的症狀進行治療。若有高熱，採用物理降溫或使用退熱藥物，因為高熱會使腦部代謝加快，加重腦損傷。出現驚厥時，及時使用抗驚厥藥物，防止驚厥持續狀態對大腦造成不可逆損傷。有顱內壓增高情況，使用脫水劑降低顱內壓，避免腦組織受壓，保障大腦正常功能。
4. 康復治療：當患者病情穩定後，進行康復治療。包括物理治療，如按摩、針灸等，可促進局部血液循環，改善肌肉張力。還有認知功能訓練，幫助患者恢復記憶力、注意力等。語言功能訓練針對有語言障礙的患者，通過發音練習等方式提高語言表達能力。康復治療能最大程度改善患者因腦炎導致的功能障礙。
5. 手術治療：在基孔肯雅熱引發腦炎出現嚴重併發症，如腦部出現嚴重的膿腫、血腫等情況時，考慮手術治療。通過手術清除膿腫或血腫，解除對腦組織的壓迫，防止病情進一步惡化。但手術風險較大，需綜合評估患者身體狀況、病情嚴重程度等因素後謹慎選擇。
基孔肯雅熱引發腦炎治療後，要注意休息，避免勞累，保證充足睡眠，利於身體機能恢復。飲食上，多攝入富含營養且易消化的食物，增強身體抵抗力。定期復查，以便及時發現潛在問題並調整治療方案。嚴格按照醫生囑咐進行後續護理和康復訓練，促進身體全面康復。
