發熱伴血小板減少綜合徵需與流行性出血熱、登革熱、恙蟲病、敗血症、惡性組織細胞病等鑒別。
1. 流行性出血熱：由漢坦病毒引起，有發熱、出血、腎損害三大主症。典型病例有五期經過，即發熱期、低血壓休克期、少尿期、多尿期和恢復期。實驗室檢查可見血液濃縮、異型淋巴細胞增多、血小板減少等，特異性抗體檢測有助於診斷，與發熱伴血小板減少綜合徵在症狀和檢查上有相似處但病原體及特徵表現不同。
2. 登革熱：由登革病毒引起，經伊蚊傳播。臨床特徵為起病急驟、高熱、頭痛、肌肉和骨關節劇烈酸痛、皮疹、出血傾向、淋巴結腫大等。血清學檢查及病毒核酸檢測可鑒別，與發熱伴血小板減少綜合徵在發熱及血小板減少表現上有重疊但傳播途徑等有差異。
3. 恙蟲病：由恙蟲病東方體引起，通過恙蟎幼蟲叮咬傳播。有發熱、焦痂或潰瘍、淋巴結腫大及皮疹等表現，外斐反應可呈陽性，與發熱伴血小板減少綜合徵症狀有別且病原體不同。
4. 敗血症：病原菌侵入血流並在其中生長繁殖，產生毒素而引起全身性感染。有高熱、寒戰等全身症狀，血培養可發現病原菌，與發熱伴血小板減少綜合徵在發熱及血液系統改變上需區分。
5. 惡性組織細胞病：是單核巨噬細胞系統的惡性增生性疾病，表現為高熱、進行性衰竭、肝脾淋巴結腫大、全血細胞減少等，骨髓塗片可找到異常組織細胞，與發熱伴血小板減少綜合徵在血液學改變及臨床表現上有相似點但本質不同。
日常應注意做好個人防護，如避免在草地、樹林等蜱蟲易生長的地方長時間坐臥或玩耍，戶外活動後仔細檢查身體有無蜱蟲附著。若出現發熱、血小板減少等症狀，應及時就醫，嚴格遵醫囑進行檢查和治療，以便準確診斷並採取恰當的治療措施。
