肛門指檢一次的時間一般在3 - 5分鐘。
肛門指檢時間之所以在這個範圍，是因為醫生需要通過手指觸摸肛門及直腸下段來獲取多方面信息。醫生要先輕柔地將手指緩慢插入肛門，感受肛門括約肌的鬆緊度，這一過程需要一定時間來準確判斷。接著，要仔細觸摸直腸壁，檢查是否有腫物、硬結、壓痛等異常情況，全面的檢查需要足夠時間確保不遺漏重要信息。
在實際操作中，若受檢者配合良好，肛門括約肌較為鬆弛，醫生操作熟練且檢查部位無複雜情況，可能3分鐘左右就能完成較為全面的檢查。但如果受檢者過於緊張，肛門括約肌痙攣，增加檢查難度，或者醫生在檢查過程中發現可疑病變，需要更細緻地觸摸、判斷病變的大小、位置、質地等，時間就會相應延長，可能達到5分鐘甚至更久。
日常生活中，要重視肛門指檢這一簡單卻有效的檢查方式。當出現便血、排便習慣改變、肛門墜脹等不適症狀時，應及時就醫接受檢查。即便沒有明顯症狀，定期進行肛門指檢也有助於早期發現一些肛腸疾病。同時，在接受檢查前盡量放鬆心情，避免過度緊張影響檢查進程和結果。若醫生根據檢查結果給出進一步檢查或治療建議，一定要積極配合，遵循醫生的安排，以保障肛腸健康。
