肛瘻根治術後的恢復時間一般在20天到60天左右。具體而言，低位單純性肛瘻恢復相對較快，通常20到30天可恢復；高位複雜性肛瘻恢復時間較長，多在40到60天。
肛瘻根治術的恢復時間受多種因素影響。手術創面大小是關鍵因素之一，低位單純性肛瘻手術創面較小，對周圍組織損傷輕，術後愈合相對容易，所以恢復時間短。而高位複雜性肛瘻手術創面大且涉及的組織層次多，手術操作更為複雜，術後愈合過程中需要新生的組織更多，因此恢復時間就會延長。
患者自身的身體狀況也對恢復時間有重要作用。如果患者身體素質好，新陳代謝快，自身的修復能力強，術後傷口愈合就會比較迅速。相反，若患者存在一些基礎疾病，如糖尿病等，會影響身體的正常代謝和免疫功能，導致傷口愈合緩慢，恢復時間也就相應增加。術後的護理情況也不容忽視。保持傷口清潔、按時換藥、遵循正確的飲食和休息要求，都有助於傷口的順利愈合，縮短恢復時間；若護理不當，引發感染等併發症，恢復時間必然會延長。
肛瘻根治術後，患者要注意保持肛門局部清潔衛生，勤換內褲，排便後可遵醫囑用溫水或藥物坐浴。飲食上，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢，避免久坐久站，適當進行活動。同時，要嚴格按照醫生的囑咐定期復查，以便及時發現並處理恢復過程中出現的問題，促進身體早日康復。
