線粒體腦肌病的治療方法主要有藥物治療、飲食治療、康復治療、心理治療、手術治療等。
1. 藥物治療：線粒體腦肌病患者可通過藥物改善症狀。如輔酶Q10膠囊，能參與細胞呼吸及能量代謝過程，為受損的線粒體提供能量支持，有助於緩解肌肉無力等症狀，需遵醫囑用藥；艾地苯醌片，可激活腦線粒體呼吸活性，改善腦能量代謝，對提高患者認知功能等有幫助，務必按醫囑服用；左卡尼汀口服液，能促進脂肪酸的β-氧化，為機體提供更多能量，減輕線粒體功能障礙帶來的影響，要嚴格遵醫囑使用。這些藥物從不同角度改善線粒體功能，從而緩解線粒體腦肌病症狀。
2. 飲食治療：對於線粒體腦肌病患者，飲食調整很關鍵。高碳水化合物、低脂飲食可使患者體內糖代謝增強，為身體提供相對穩定的能量來源。因為線粒體功能受損，對脂肪代謝能力下降，而糖代謝相對容易利用，能一定程度上彌補線粒體功能缺陷導致的能量供應不足。同時，適當補充富含B族維生素、維生素C、維生素E等抗氧化劑的食物，可減少自由基對線粒體的損傷，有助於維持線粒體的正常結構和功能，進而緩解線粒體腦肌病病情。
3. 康復治療：康復治療能提高線粒體腦肌病患者的生活質量。針對肌肉無力症狀，進行適度的運動訓練，如肢體的伸展、屈伸運動等，可增強肌肉力量，改善肌肉萎縮狀況。通過平衡訓練，能提高患者的平衡能力，減少因肌肉不協調等導致的摔倒風險。言語訓練對於存在言語障礙的患者，可幫助其恢復語言表達和溝通能力。這些康復訓練能針對性地改善線粒體腦肌病患者因疾病導致的身體功能障礙，促進身體功能恢復。
4. 心理治療：線粒體腦肌病患者常因疾病帶來的身體不適、生活受限等出現心理問題。心理治療師通過與患者溝通交流，瞭解其內心的焦慮、抑鬱等情緒，給予心理支持和疏導。認知行為療法可幫助患者正確認識疾病，改變不良的認知模式和行為習慣，增強面對疾病的信心。放鬆訓練如深呼吸訓練、冥想等，能緩解患者的緊張情緒，減輕心理壓力，良好的心理狀態有助於患者更好地配合治療，對線粒體腦肌病的整體治療和康復有積極作用。
5. 手術治療：在某些特定情況下，手術治療可用於線粒體腦肌病。比如當患者出現嚴重的癲癇發作，且藥物治療效果不佳時，可考慮進行癲癇病灶切除術。通過手術切除大腦中異常放電的癲癇病灶，減少癲癇發作的頻率和嚴重程度。因為癲癇頻繁發作會進一步加重腦功能損傷，而手術去除病灶後，能降低大腦神經元的異常興奮，改善患者的神經系統症狀，一定程度上提高患者的生活質量，但手術風險需綜合評估，要在專業醫生指導下謹慎選擇。
線粒體腦肌病患者在日常生活中要保持規律作息，避免過度勞累，因為勞累可能加重身體能量消耗，增加線粒體負擔。飲食上嚴格按照飲食治療方案執行，定期復查。要積極配合各項治療，按時服藥，進行康復訓練等。保持樂觀的心態，家人也應給予更多的關心和支持，共同促進患者病情穩定和康復。
