肺曲菌病易誤診為肺結核、肺部腫瘤、肺炎、肺膿腫、過敏性支氣管肺曲霉病等。
1. 肺結核：肺結核與肺曲菌病症狀有相似之處，都可能出現咳嗽、咳痰、咯血、低熱、盜汗、乏力等表現。影像學上，肺結核的空洞、結節等病變有時和肺曲菌病的影像難以區分。但肺結核多有結核接觸史，痰結核菌檢查可發現結核桿菌，而肺曲菌病痰中可找到曲霉菌絲。
2. 肺部腫瘤：肺部腫瘤早期也可無明顯症狀，隨著病情進展出現咳嗽、咯血、胸痛等。肺曲菌病形成的球形病灶與肺部腫瘤在影像學上可能混淆。不過腫瘤多有分葉、毛刺等特徵，通過病理活檢可明確區分，肺曲菌病病理可見曲霉菌的特徵結構。
3. 肺炎：肺炎起病急，常有發熱、咳嗽、咳痰等症狀，肺曲菌病在急性感染期與之相似。但肺炎多由細菌、病毒等感染引起，抗感染治療有效，而肺曲菌病對抗真菌治療才有反應。
4. 肺膿腫：肺膿腫有高熱、咳大量膿臭痰等表現，肺曲菌病合併感染時也可能出現類似症狀。肺膿腫影像學多表現為厚壁空洞伴液平，而肺曲菌病空洞內可見曲菌球等特殊表現。
5. 過敏性支氣管肺曲霉病：都有咳嗽、喘息等症狀，且都與過敏因素有關。但過敏性支氣管肺曲霉病以喘息為突出表現，血嗜酸性粒細胞顯著升高，而肺曲菌病主要以肺部侵襲性病變為主。
日常生活中，若出現咳嗽、咯血等肺部不適症狀，應及時就醫檢查。醫生會綜合多方面因素進行診斷，患者需積極配合各項檢查，以便明確病因，接受正確治療。若確診為肺曲菌病，要嚴格遵醫囑進行抗真菌等治療，定期復查。
