系統脫敏治療的三個步驟是放鬆訓練、建立焦慮等級、脫敏訓練等。
1. 放鬆訓練：通過特定的方法，如深呼吸、漸進性肌肉鬆弛等，讓個體學會主動地放鬆身體各部位肌肉，調節呼吸節奏，排除雜念，使身心達到一種鬆弛、平靜的狀態。這一步是為後續脫敏訓練奠定基礎，幫助個體在面對引發焦慮的刺激時能更好地應對，降低緊張感。
2. 建立焦慮等級：治療者與個體一起，根據個體對不同刺激情境的主觀焦慮程度，將各種可能引發焦慮的情境按照從低到高的順序排列，構建一個焦慮等級表。每個等級的刺激情境應清晰明確，且相鄰等級之間的焦慮程度差異適中，以便逐步進行脫敏訓練。
3. 脫敏訓練：讓個體在深度放鬆的狀態下，想象焦慮等級表中最低等級的刺激情境。如果個體能在想象中平靜地面對該情境，沒有明顯焦慮反應，就進入下一個更高等級的情境想象。如此循序漸進，直到個體能夠在想象中面對最高等級的刺激情境也不再感到焦慮或僅有輕微焦慮，從而實現對焦慮的脫敏。
在進行系統脫敏治療過程中，要嚴格按照治療方案逐步推進，不可操之過急。日常要保持規律作息和健康的生活方式，以維持身心良好狀態。若在治療期間出現不適或疑問，應及時與專業治療人員溝通，遵循其指導意見，確保治療順利進行，達到理想效果。
