一般來說，艾草驅蚊對預防基孔肯雅熱有一定幫助。
基孔肯雅熱主要通過蚊蟲叮咬傳播，預防關鍵在於防蚊驅蚊。艾草含有揮發油，燃燒或散髮氣味時，這些揮發油能在空氣中形成特殊氣味環境，對蚊蟲有驅避作用。蚊蟲不喜歡艾草散髮的氣味，從而減少靠近人體的幾率，降低被叮咬感染基孔肯雅熱病毒的風險。
在實際應用中，可將艾草製成艾條點燃，讓煙霧瀰漫室內，能有效驅趕室內蚊蟲；也可把艾草晾乾後搓成繩子，點燃當作天然蚊香使用；還能將艾草碾碎，裝入香囊隨身攜帶，在一定程度上防止周圍蚊蟲靠近。
不過，艾草驅蚊效果有一定局限性，不能完全杜絕蚊蟲叮咬。在基孔肯雅熱流行地區，除使用艾草驅蚊外，還應注意保持居住環境清潔衛生，及時清理積水，減少蚊蟲滋生地；外出時穿長袖長褲，使用正規驅蚊產品；安裝紗窗、蚊帳等物理防蚊設施。若出現發熱、關節疼痛等疑似症狀，應及時就醫並遵醫囑治療。
