肛周膿腫後期治療需考慮多種因素，可能是肛腺感染、肛周皮膚感染、直腸黏膜下膿腫破潰、外傷、血行感染等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有藥物治療、手術治療等。
1. 肛腺感染：肛腺開口於肛竇，因肛竇易積存糞便引發感染，進而蔓延至肛周間隙形成膿腫。後期若感染未徹底清除，需遵醫囑使用頭孢克肟膠囊、甲硝唑片、阿莫西林克拉維酸鉀顆粒控制炎症，必要時行切開引流術，將膿腫內的膿液充分引出，促進愈合。
2. 肛周皮膚感染：肛周皮膚破損後，細菌侵入並大量繁殖，引發感染形成膿腫。後期要注意保持肛周清潔，遵醫囑塗抹莫匹羅星軟膏、紅霉素軟膏、夫西地酸乳膏抗感染，若膿腫較大，需手術切開排膿，防止感染擴散。
3. 直腸黏膜下膿腫破潰：直腸黏膜下膿腫破潰後，膿液可流至肛周間隙，導致肛周膿腫。後期治療需根據情況，遵醫囑口服左氧氟沙星膠囊、阿奇霉素片、頭孢丙烯顆粒，若有殘留膿腔，需手術清創，重新建立引流通道。
4. 外傷：肛周受到異物損傷等外傷後，細菌易侵入傷口引發感染形成膿腫。後期要對傷口進行清創處理，遵醫囑使用康復新液濕敷，配合口服雲南白藥膠囊、三七片、獨一味軟膠囊促進傷口愈合，若有感染跡象，及時抗感染治療。
5. 血行感染：身體其他部位的感染灶通過血液循環將細菌帶到肛周，引發膿腫。後期需積極治療原發病灶，遵醫囑使用青霉素V鉀片、羅紅霉素膠囊、克拉霉素片控制全身感染，對於肛周膿腫，根據情況選擇合適的手術方式。
肛周膿腫後期治療過程中，要保持肛周清潔衛生，勤換內褲，避免久坐，飲食上避免食用辛辣刺激性食物，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢，同時嚴格按照醫生的囑咐用藥和復診，以便及時瞭解恢復情況並調整治療方案 。
