甲硝唑和替硝唑在作用機制、抗菌譜、藥代動力學、不良反應、臨床應用方面存在不同。
1. 作用機制：甲硝唑進入微生物細胞後，其硝基被還原成一種細胞毒物質，作用於細菌的DNA代謝過程，促使細菌死亡；替硝唑作用機制與甲硝唑相似，也是干擾細菌DNA代謝過程，促使細菌死亡，但在作用細節上有差異。
2. 抗菌譜：甲硝唑主要對厭氧菌有強大抗菌作用，對滴蟲、阿米巴原蟲等也有較好效果；替硝唑抗菌譜與甲硝唑相近，但對某些厭氧菌的抗菌活性更強，對脆弱擬桿菌的作用比甲硝唑強2-4倍。
3. 藥代動力學：甲硝唑口服吸收良好，生物利用度高，在體內分布廣泛，t1/2為8小時左右；替硝唑口服後吸收迅速、完全，血藥濃度高，t1/2較長，約為12-14小時，藥效維持時間更久。
4. 不良反應：甲硝唑常見不良反應有惡心、嘔吐、食慾不振等胃腸道反應，以及頭痛、眩暈等神經系統症狀，還可能引起雙硫侖樣反應；替硝唑不良反應相對較輕，胃腸道反應發生率低於甲硝唑，引起雙硫侖樣反應的幾率也較小。
5. 臨床應用：甲硝唑常用於治療厭氧菌引起的各種感染，如腹腔、盆腔感染等，也用於滴蟲病、阿米巴病等；替硝唑在治療厭氧菌感染方面療效與甲硝唑相似，但在一些嚴重厭氧菌感染或需要長效抗菌作用時更具優勢。
在使用甲硝唑或替硝唑時，應嚴格按照醫生的處方用藥，不可自行增減劑量或停藥。用藥期間要注意觀察自身症狀變化，若出現嚴重不良反應或症狀無改善，應及時就醫。同時，用藥期間避免飲酒，以免引發不良反應。
