流行性乙型腦炎咳嗽的治療可通過一般治療、藥物治療、霧化吸入治療、中醫治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者咳嗽時，一般治療很關鍵。要保證患者處於安靜、舒適且通風良好的環境，這樣能減少呼吸道刺激，利於呼吸順暢。給予富含營養且易消化的食物，保證充足能量供應，增強身體抵抗力以對抗疾病。密切監測患者體溫、呼吸、心率等生命體徵，及時發現異常並處理，因為病情變化可能影響咳嗽症狀及整體恢復情況。同時，讓患者多休息，避免勞累，有助於身體恢復，減輕咳嗽等不適。
2. 藥物治療：針對流行性乙型腦炎咳嗽，藥物治療是重要手段。遵醫囑使用氨溴索口服液，能稀釋痰液，促進痰液排出，減輕痰液對呼吸道的刺激，從而緩解咳嗽。右美沙芬糖漿可抑制延髓咳嗽中樞，達到鎮咳效果，對於乾咳症狀有較好療效。阿奇霉素分散片能有效抑制細菌蛋白質合成，控制可能存在的呼吸道感染，減少炎症刺激引發的咳嗽。
3. 霧化吸入治療：霧化吸入治療對流行性乙型腦炎咳嗽有積極作用。通過霧化裝置將藥物轉化為微小顆粒，直接作用於呼吸道。如布地奈德霧化混懸液，可減輕呼吸道炎症反應，緩解氣道痙攣，減輕咳嗽。異丙托溴銨溶液能舒張支氣管平滑肌，改善通氣功能，減少咳嗽發作。特布他林霧化液可增強纖毛運動，促進痰液排出，減輕咳嗽症狀。
4. 中醫治療：中醫在流行性乙型腦炎咳嗽治療中也有一定作用。可根據患者具體症狀、體徵進行辯證論治。對於風熱犯肺型咳嗽，採用疏風清熱、宣肺止咳的方劑，如銀翹散加減，其藥物成分能疏散風熱，使肺氣通暢，減輕咳嗽。針灸治療選取肺俞、列缺、合谷等穴位，通過刺激穴位調節人體氣血運行，增強肺的功能，緩解咳嗽症狀。
5. 康復治療：康復治療有助於流行性乙型腦炎咳嗽患者恢復。指導患者進行呼吸訓練，如縮唇呼吸、腹式呼吸，可增強呼吸肌力量，改善呼吸功能，減輕咳嗽。進行排痰訓練，通過胸部叩擊、體位引流等方法，促進痰液排出，減少呼吸道分泌物積聚，緩解咳嗽。心理康復也很重要，患者因疾病不適可能產生焦慮等情緒，影響恢復，通過心理疏導可增強患者康復信心。
流行性乙型腦炎咳嗽患者在治療過程中要注意休息，保證充足睡眠，利於身體恢復。飲食上避免食用辛辣、油膩、刺激性食物，以防加重呼吸道不適。注意保暖，避免著涼，防止病情反復。嚴格按照醫生囑咐按時服藥、進行各項治療，定期復查，以便及時調整治療方案。
