流行性乙型腦炎的治療方法主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持安靜，密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵。因為良好的環境可減少蚊蟲叮咬再次感染風險，密切監測生命體徵能及時發現病情變化以便調整治療方案。要保證營養及熱量供應，昏迷患者可通過鼻飼。注意口腔及皮膚清潔，防止發生褥瘡及呼吸道感染等併發症。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，配合藥物降溫，遵醫囑用布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片、柴胡注射液等。因高熱會加重腦組織損傷，控制體溫可減輕腦損傷。對於驚厥或抽搐，要去除病因，如因腦水腫引起則脫水治療，同時遵醫囑用苯巴比妥鈉注射液、地西泮片、水合氯醛灌腸劑等鎮靜止痙。呼吸衰竭是乙腦主要死因，可保持呼吸道通暢，必要時使用呼吸興奮劑，遵醫囑用尼可剎米注射液、洛貝林注射液等。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可使用抗病毒藥物，遵醫囑用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等。這些藥物能抑制病毒複製，減輕病毒對腦組織的侵襲，從而緩解病情，縮短病程，降低病毒在體內的載量，減少併發症的發生。
4. 中醫治療：根據患者症狀體徵進行辨證論治，常見有清熱解毒、熄風止痙等治法。通過中藥調理機體陰陽平衡，增強機體抵抗力，減輕炎症反應，促進受損腦組織修復，且中藥副作用相對較小，可與其他治療方法協同發揮作用。
5. 康復治療：對於留有後遺症的患者，進行康復訓練。包括肢體功能訓練、語言訓練、認知訓練等。通過針對性康復訓練，可促進神經功能恢復，提高患者生活自理能力和社會適應能力，改善患者預後生活質量。
注意事項：患者治療期間要嚴格遵醫囑用藥，不可自行增減藥量或停藥。注意休息，保證充足睡眠，促進身體恢復。飲食上加強營養，多攝入富含蛋白質、維生素等營養物質的食物。定期復查，以便醫生瞭解恢復情況及時調整治療方案 。
