巧克力囊腫通常會導致痛經。巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢形成的，隨著月經週期，異位內膜出血積聚形成囊腫，經期囊腫內壓力變化等會引發疼痛。
巧克力囊腫引發痛經，主要是因為異位的內膜組織在卵巢內，受激素影響週期性出血。血液無法排出，在囊腫內積聚，使囊腫不斷增大，對周圍組織產生壓迫和刺激，從而引起疼痛。而且這種疼痛往往會隨著病情進展逐漸加重。
除了痛經，巧克力囊腫還可能影響生育功能，導致不孕。因為囊腫可能破壞卵巢組織，影響卵子的生成、排出以及受精等過程。囊腫破裂還可能引發急腹症，出現劇烈腹痛、惡心、嘔吐等症狀，嚴重影響身體健康。
日常要注意規律作息，保證充足睡眠，避免熬夜，維持內分泌穩定。飲食上，盡量少吃辛辣、油膩、刺激性食物，多吃蔬菜、水果，保持營養均衡。定期進行婦科檢查，以便及時發現囊腫的變化。若出現痛經加重、月經異常等情況，應及時就醫，遵循醫生的建議進行治療。
