一般情況下，規範操作的鼻咽拭子不會對鼻子造成明顯傷害。但如果操作不當，可能會引起一些不適甚至損傷。
鼻咽拭子是通過特定工具採集鼻腔和咽部樣本以檢測病原體。在操作時，若醫護人員手法熟練、輕柔，按照標準流程進行，大多只會帶來短暫的輕微不適，比如鼻腔的酸脹感，很快就能恢復。
若操作不夠規範，比如採樣力度過大、方向偏差等，可能導致鼻腔黏膜破損、出血，尤其是本身鼻腔黏膜就比較脆弱的人，這種風險相對更高。不過這種情況並不常見，正規醫療機構的醫護人員都經過專業培訓，能最大程度降低風險。
在進行鼻咽拭子採樣前，盡量保持鼻腔清潔，避免用力擤鼻等可能損傷鼻腔黏膜的行為。採樣過程中要積極配合醫護人員，保持頭部穩定，不要隨意晃動。採樣後若出現鼻腔少量出血，可通過按壓鼻翼等簡單方式止血。若不適症狀持續不緩解或加重，應及時就醫，遵循醫生的建議進行處理。
