一般情況下，規範操作的鼻咽拭子不會對鼻子造成明顯傷害。但如果操作不當，可能會引起一些不適甚至損傷。
鼻咽拭子是通過採集鼻腔和咽部的分泌物來檢測病原體。在正常規範操作時，醫護人員會輕柔、準確地將拭子插入鼻腔，沿著鼻腔自然通道到達鼻咽部，這種操作大多能被耐受，不會對鼻腔黏膜等造成實質性損害。
若操作不夠熟練或動作過於粗暴，可能會導致鼻腔黏膜破損、出血，引起疼痛等不適症狀。尤其是本身鼻腔就存在炎症、黏膜比較脆弱的人，受到傷害的風險可能會相對高一些。
不同材質的拭子也可能對鼻腔產生不同影響。質量合格、設計合理的拭子能減少對鼻腔的刺激。
在進行鼻咽拭子檢測時，要盡量放鬆，不要隨意晃動頭部，配合醫護人員的操作。檢測後若出現鼻腔少量出血，可通過按壓鼻翼等方式止血。若不適感持續較長時間或出現其他異常症狀，應及時就醫，遵循醫生的建議進行處理。
