肛管及肛周上皮內瘤變的治療措施有觀察隨訪、藥物治療、手術治療、物理治療、激光治療等。
1. 觀察隨訪：對於低級別上皮內瘤變，若病變較小、無症狀且患者身體狀況不適合積極干預時，可定期進行肛門指診、肛門鏡檢查等密切觀察，瞭解病變變化情況，一旦有進展跡象再採取進一步治療。
2. 藥物治療：可使用一些具有抗腫瘤作用的藥物，如咪喹莫特等，通過調節局部免疫反應，抑制病變細胞的生長和增殖，適用於部分早期、病變範圍較局限的患者。
3. 手術治療：包括局部切除、廣泛切除等。局部切除適用於病變較局限的情況，完整切除病變組織；廣泛切除則用於病變範圍較大、累及組織較多的病例，以盡可能清除病灶，降低復發風險。
4. 物理治療：如冷凍治療，利用低溫使病變組織壞死、脫落；電灼治療通過高溫破壞病變細胞，常用於較小的病灶，操作相對簡便，對周圍組織損傷較小。
5. 激光治療：利用激光的高能量精准破壞病變組織，具有出血少、創傷小、恢復快等優點，可有效清除病灶，尤其適用於一些特殊部位或不宜手術切除的病變。
肛管及肛周上皮內瘤變患者治療後要保持肛周清潔衛生，避免久坐、久站，防止局部血液循環不暢。飲食上避免食用辛辣、刺激性食物，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢。同時，需嚴格按照醫生要求定期復查，以便及時發現異常並處理。
