鈎端螺旋體病程一般分為3期。
鈎端螺旋體侵入人體後，會經歷不同的發展階段從而形成不同病程。在感染初期，病原體在體內開始大量繁殖，引發一系列症狀，隨著病情進展，身體的免疫反應以及病原體對機體的損害會呈現出不同特點，進而劃分出不同的病程階段。
在早期，也就是鈎端螺旋體血症期，發病後1 - 3天，會出現高熱、頭痛、全身乏力等症狀，這是由於鈎端螺旋體在血液中大量繁殖並釋放毒素。中期為器官損傷期，發病後3 - 14天，可能累及多個器官，比如肺出血、黃疸、腎功能損害等。後期是恢復期或後發症期，發病14天以後，多數患者逐漸恢復，但部分患者可能出現眼後發症、神經系統後發症等。
日常生活中，在鈎端螺旋體病流行地區要注意做好防護。避免接觸可能被污染的水源，如稻田、池塘等。如果從事可能接觸病原體的工作，如農民、獸醫等，應穿戴好防護裝備。一旦出現疑似鈎端螺旋體病的症狀，應及時就醫，嚴格按照醫生的診斷和治療方案進行治療，切不可自行用藥，以免延誤病情。
