打完手足口疫苗後高燒39℃可能是疫苗反應、上呼吸道感染、急性胃腸炎、幼兒急疹、肺炎等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有物理降溫、藥物治療等。
1.疫苗反應：接種手足口疫苗後，部分兒童可能會出現發熱等不良反應。可先採取物理降溫，如溫水擦浴，若體溫持續不降，可遵醫囑使用對乙酰氨基酚混懸滴劑、布洛芬混懸液、小兒柴桂退熱顆粒等藥物。
2.上呼吸道感染：接種疫苗後，兒童免疫力可能暫時下降，容易引發上呼吸道感染。除發熱外，還可能伴有咳嗽、流涕等症狀。需多喝水，注意休息，遵醫囑使用小兒氨酚黃那敏顆粒、阿莫西林顆粒、利巴韋林顆粒等藥物。
3.急性胃腸炎：可能因飲食不潔等原因導致，除發熱外，還可有嘔吐、腹瀉等表現。應注意飲食衛生，清淡飲食，遵醫囑使用蒙脫石散、雙歧桿菌四聯活菌片、頭孢克肟顆粒等藥物。
4.幼兒急疹：多發生於2歲以下兒童，發熱3 - 5天後熱退疹出。發熱期間需密切觀察體溫變化，可遵醫囑使用退燒藥，如對乙酰氨基酚栓、布洛芬顆粒、復方鋅布顆粒等。
5.肺炎：可由細菌、病毒等感染引起，除發熱外，還可有咳嗽、呼吸急促等症狀。應及時就醫，進行相關檢查，如確診為肺炎，需遵醫囑使用抗生素或抗病毒藥物，如阿奇霉素乾混懸劑、磷酸奧司他韋顆粒、鹽酸氨溴索口服液等。
接種疫苗後出現高燒，應密切觀察兒童的精神狀態、飲食情況等。若體溫持續不退或出現其他異常症狀，應及時就醫。同時，要注意讓兒童多休息，保持室內空氣流通。
