陰莖流黃水和小便疼痛可能是由多種原因引起的，如尿道炎、前列腺炎、淋病、包皮龜頭炎、尿路結石等。
1. 尿道炎：多由細菌感染引起，如大腸桿菌等。表現為尿道口紅腫、瘙癢，有膿性分泌物，伴有尿頻、尿急、尿痛等症狀。治療需使用抗生素，如左氧氟沙星等，並注意局部清潔。
2. 前列腺炎：可由細菌感染或非感染因素導致。會出現尿頻、尿急、尿痛，會陰或恥骨上區疼痛，尿道口有分泌物等。治療包括應用抗生素如頭孢呋辛酯、α受體阻滯劑如坦索羅辛等，同時避免久坐、飲酒等不良習慣。
3. 淋病：是由淋球菌感染引起的性傳播疾病。主要症狀為尿道口紅腫、流膿，伴有尿痛。治療以抗生素為主，如頭孢曲松鈉，需遵循足量、規範的原則，並避免性行為，防止傳染。
4. 包皮龜頭炎：常因包皮過長、局部不潔等引起。表現為龜頭和包皮內板紅腫、糜爛，有黃色分泌物，可伴有疼痛。治療需保持局部清潔，外用抗菌藥物如莫匹羅星軟膏，如有包皮過長，可考慮手術治療。
5. 尿路結石：結石在尿路中移動時，可能損傷尿道黏膜，導致尿液中出現血液和膿性分泌物，同時伴有尿痛。治療根據結石的大小、位置等選擇合適的方法，如藥物排石如排石顆粒、體外衝擊波碎石或手術取石等。
在日常生活中，應注意個人衛生，保持生殖器清潔，避免不潔性行為。如出現陰莖流黃水和小便疼痛等症狀，應及時就醫，明確診斷，並在醫生的指導下進行治療。
