鼻腔清洗器常見的使用方法有擠壓式、噴霧式、重力滴流式等。
1. 擠壓式：將適量的清洗液倒入清洗器的儲液倉中，輕輕握住清洗器的主體部分，頭部稍向前傾。將清洗器的噴頭輕輕放入一側鼻孔中，注意不要過深插入，避免損傷鼻腔黏膜。然後用手輕輕擠壓清洗器的瓶身，使清洗液緩慢地流入鼻腔，清洗液會從另一側鼻孔或口腔流出，從而達到清洗鼻腔的目的。清洗完畢後，輕輕擤出鼻腔內剩餘的液體。
2. 噴霧式：先將清洗液裝入噴霧式清洗器的容器中。保持頭部直立或稍微前傾，將噴頭對準鼻孔，注意保持適當的距離，一般2 - 3釐米。按壓噴霧器的按鈕，使清洗液以霧狀均勻地噴入鼻腔。在噴霧過程中，可輕輕吸氣，讓清洗液更好地分布在鼻腔內。每側鼻孔可噴霧數次，然後輕輕擤鼻。
3. 重力滴流式：把清洗液倒入專門的容器中，如洗鼻壺。頭部稍微前傾，身體向前彎曲，將洗鼻壺的壺嘴對準一側鼻孔，使壺嘴與鼻孔保持一定的角度，一般為30 - 45度。讓清洗液依靠重力緩慢地流入鼻腔，過程中可張嘴呼吸，避免嗆水。清洗液會從另一側鼻孔流出，完成一側鼻腔清洗後，換另一側重復操作。
使用鼻腔清洗器時，應選擇合適的清洗液，避免使用刺激性強的液體。操作過程中動作要輕柔，若在使用過程中出現鼻腔疼痛、出血等不適症狀，應立即停止使用，並及時咨詢專業醫生。同時，要定期清潔和更換清洗器，防止細菌滋生。
