不存在治療瘊子最好的方法，因為治療方法需依據瘊子的大小、位置、數量以及患者自身狀況等來綜合選擇。
藥物治療是常用手段。對於較小的瘊子，可選用外用藥物。如水楊酸，能通過溶解角質，逐漸使瘊子脫落。維A酸類藥物也有一定效果，可調節細胞生長和分化，抑制瘊子的增生。還有氟尿嘧啶軟膏，能幹擾病毒DNA的合成，達到治療目的。不過，藥物治療通常耗時較長，且可能會有局部皮膚刺激等不良反應。
物理治療能快速去除瘊子。冷凍治療利用液氮的低溫，使瘊子組織壞死、脫落。這種方法操作簡便，適用於多數部位的瘊子。激光治療則是通過高溫激光束直接汽化瘊子組織，精准度高，術後恢復相對較快。電灼術也類似，利用高頻電流燒灼瘊子，能有效去除病變組織。但物理治療可能會留下疤痕，尤其是在皮膚敏感部位需謹慎使用。
手術切除適用於較大或藥物、物理治療效果不佳的瘊子。在局部麻醉下完整切除瘊子組織，能徹底去除病變，但手術創傷相對較大，恢復時間長，且有一定的感染風險。
治療後要保持創面清潔乾燥，避免沾水，防止感染。盡量減少對治療部位的摩擦和搔抓，以免影響愈合或導致瘊子復發。同時，增強自身免疫力也很關鍵，規律作息、均衡飲食、適度運動，都有助於身體抵抗病毒，降低瘊子再次出現的幾率。
