巧克力囊腫的併發症有破裂、蒂扭轉、感染、惡變、盆腔粘連等。
1. 破裂：巧克力囊腫因囊壁較薄，在受到外力撞擊、性生活刺激、腹壓突然改變等情況下，容易發生破裂。囊內的陳舊性血液流入盆腔，刺激腹膜，引發劇烈腹痛，常伴有惡心、嘔吐等症狀，嚴重時可導致休克，需緊急手術治療。
2. 蒂扭轉：當巧克力囊腫體積增大，活動度較好時，可能發生蒂扭轉。多在體位突然改變時出現，扭轉後囊腫血液循環受阻，會出現一側下腹部突發劇痛，疼痛呈持續性，還可能伴有發熱等表現，若不及時處理，囊腫可能壞死。
3. 感染：相對較為少見，多因囊腫破裂後，細菌侵入引發感染，也可因臨近器官的炎症蔓延所致。患者會出現發熱、腹痛加劇、白細胞升高等症狀，治療上需使用抗生素控制感染，必要時手術干預。
4. 惡變：巧克力囊腫惡變的幾率較低，但仍存在一定風險。惡變時囊腫生長速度加快，形態不規則，與周圍組織粘連，患者可能出現腹脹、腹痛、消瘦等症狀，一旦懷疑惡變，需盡快手術切除並進行病理檢查。
5. 盆腔粘連：巧克力囊腫反復出血，囊內容物刺激盆腔組織，容易導致盆腔內器官之間發生粘連，如輸卵管與卵巢、腸管等粘連。盆腔粘連會影響輸卵管的蠕動和拾卵功能，增加不孕的風險，還可能引起慢性盆腔痛。
巧克力囊腫患者日常要注意避免劇烈運動和腹部受到撞擊，定期進行婦科檢查，監測囊腫大小、形態等變化。若出現腹痛、發熱等不適症狀，應及時就醫。保持良好的生活習慣，規律作息，均衡飲食，以維持身體良好狀態。
