不存在治療肝囊腫的最佳方法，因為治療方式需依據囊腫大小、位置、是否引發症狀以及患者自身狀況等來綜合考量。
對於大多數無症狀的肝囊腫患者，通常不需要特殊治療，定期復查肝臟超聲等檢查即可。這是由於這類囊腫生長緩慢，對肝臟及周圍組織沒有明顯壓迫，不會影響肝臟正常功能。
當肝囊腫體積較大，一般直徑超過 5 釐米，或者囊腫壓迫周圍組織、器官，引發腹痛、腹脹、黃疸等症狀時，可能就需要進行干預治療。常見的治療手段有穿刺抽液硬化治療，即在超聲引導下，將穿刺針經皮刺入囊腫內，抽出囊液，然後注入硬化劑，使囊腫壁細胞蛋白凝固、變性，失去分泌功能，從而使囊腫縮小。
手術治療也是一種選擇。對於一些複雜的肝囊腫，如囊腫合併感染、出血，或者穿刺抽液硬化治療效果不佳的情況，可考慮手術。手術方式包括囊腫開窗引流術、肝部分切除術等。囊腫開窗引流術是將囊腫頂部切除，讓囊液流入腹腔，由腹膜吸收；肝部分切除術則適用於囊腫位於肝臟邊緣且局限於某一肝段或肝葉的情況。
治療後要保持健康的生活方式，規律作息，避免熬夜，讓身體得到充分休息，利於恢復。飲食上，均衡營養，多吃新鮮蔬果，減少油膩、刺激性食物攝入。還要按照醫生要求定期復查，以便及時發現可能出現的問題並處理。
