慢性肉芽腫病應與肺炎、敗血症、深部膿腫、結核、高免疫球蛋白E綜合徵等鑒別。
1. 肺炎：肺炎是較為常見的肺部疾病，多種病原體如細菌、病毒、支原體等均可引發。其症狀與慢性肉芽腫病肺部受累時相似，都可能出現發熱、咳嗽、咳痰等表現。但肺炎起病相對較急，通過痰液檢查、胸部影像學檢查等，可發現明確的病原體及肺部炎症特徵，與慢性肉芽腫病因免疫缺陷導致的肺部病變在病因和病理機制上存在差異。
2. 敗血症：敗血症是病原菌侵入血流並在其中生長繁殖，產生毒素而引起的全身性感染。患者常出現高熱、寒戰等症狀，和慢性肉芽腫病因免疫功能異常引發的全身性感染表現有重疊。不過敗血症多有明確的感染灶，血培養可找到病原菌，這與慢性肉芽腫病的免疫缺陷基礎及特殊的感染特點不同。
3. 深部膿腫：深部膿腫通常由局部感染蔓延所致，可出現局部紅腫熱痛、發熱等症狀。慢性肉芽腫病患者也易發生深部組織的膿腫形成。但深部膿腫多有明顯的局部炎症表現及明確的感染誘因，通過超聲、CT等影像學檢查可發現局部的膿腫病灶，與慢性肉芽腫病的全身性免疫缺陷相關病變有區別。
4. 結核：結核是由結核分枝桿菌感染引起的慢性傳染病，可侵犯全身多個器官，症狀包括低熱、盜汗、乏力等。慢性肉芽腫病患者因免疫功能低下也容易合併結核感染。然而結核有典型的結核結節等病理特徵，結核菌素試驗、結核感染T細胞檢測等有助於診斷，與慢性肉芽腫病本身的免疫缺陷病因不同。
5. 高免疫球蛋白E綜合徵：這是一種較為罕見的原發性免疫缺陷病，與慢性肉芽腫病一樣存在免疫功能異常。患者常出現反復的皮膚和肺部感染等表現。但高免疫球蛋白E綜合徵以血清IgE顯著升高為特徵，且有特殊的面容、骨骼發育異常等表現，可與慢性肉芽腫病相鑒別。
一旦出現相關症狀，應及時就醫進行全面檢查。醫生會綜合症狀、病史、各項檢查結果等進行準確診斷和鑒別診斷。治療過程中需嚴格按照醫生制定的方案進行，包括抗感染、免疫調節等治療，定期復查，以便及時調整治療策略，促進病情恢復。
