流行性乙型腦炎引起的呼吸衰竭可通過保持呼吸道通暢、呼吸興奮劑應用、氣管插管或切開、機械通氣、中藥輔助治療等進行治療。
1. 保持呼吸道通暢：流行性乙型腦炎導致呼吸衰竭時，呼吸道分泌物增多易堵塞氣道，影響氣體交換。及時清除口腔、鼻腔分泌物，防止誤吸，可讓患者頭偏向一側，便於分泌物自然流出。還可通過吸痰裝置，定期為患者吸痰，確保氣道通暢，維持正常的氣體交換，改善呼吸功能，為機體提供充足氧氣，減輕呼吸衰竭症狀。
2. 呼吸興奮劑應用：呼吸興奮劑如尼可剎米注射液、洛貝林注射液等，能直接興奮呼吸中樞，提高呼吸中樞對二氧化碳的敏感性，使呼吸加深加快。對於流行性乙型腦炎引起的呼吸中樞抑制導致的呼吸衰竭，使用呼吸興奮劑可有效刺激呼吸中樞，增強呼吸動力，增加肺通氣量，提高血氧飽和度，緩解呼吸衰竭帶來的缺氧和二氧化碳瀦留情況。
3. 氣管插管或切開：當患者出現嚴重的呼吸困難，經一般處理無法改善時，需進行氣管插管或切開。對於流行性乙型腦炎患者，若因咽喉部肌肉痙攣、痰液阻塞等導致氣道嚴重受阻，氣管插管或切開能迅速建立人工氣道，繞過梗阻部位，保證氣體順利進出肺部，改善通氣功能，為後續的呼吸支持治療創造條件，有效輓救患者生命。
4. 機械通氣：機械通氣通過呼吸機提供正壓通氣，幫助患者進行氣體交換。在流行性乙型腦炎引發呼吸衰竭時，患者自身呼吸功能嚴重受損，無法維持正常的氣體交換。機械通氣可根據患者的病情和呼吸需求，精確調節呼吸頻率、潮氣量等參數，保證足夠的氧氣供應，排出二氧化碳，糾正呼吸性酸中毒等酸鹼平衡紊亂，維持機體正常的生理功能。
5. 中藥輔助治療：一些中藥如安宮牛黃丸等，具有清熱解毒、鎮驚開竅的功效。對於流行性乙型腦炎引起的呼吸衰竭，從中醫角度看，該病多因溫熱疫毒侵襲所致，安宮牛黃丸可幫助清除體內熱毒，改善患者的神志狀態，在一定程度上輔助改善呼吸功能，與西醫治療方法協同作用，促進患者病情好轉。
治療過程中要密切關注患者的生命體徵，包括呼吸、心率、血壓等變化，根據患者具體情況及時調整治療方案。同時要做好患者的護理工作，如定期翻身防止壓瘡，保持病房清潔衛生等，以促進患者盡快康復。
