非淋菌性尿道炎的治療方法主要有藥物治療、一般治療、局部治療、中醫治療、手術治療等。
1. 藥物治療：非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原體、生殖支原體、解脲脲原體和人型支原體等病原體感染引起，藥物治療可有效抑制或殺滅這些病原體。常用藥物有阿奇霉素片，它能阻礙細菌轉肽過程，抑制細菌蛋白質合成；多西環素膠囊，通過抑制細菌蛋白質合成發揮抗菌作用；左氧氟沙星片，抑制細菌DNA旋轉酶的活性，阻礙細菌DNA複製。這些藥物需嚴格按照醫生的囑咐使用。
2. 一般治療：對於非淋菌性尿道炎患者，一般治療有助於緩解症狀和促進恢復。患者要注意休息，避免過度勞累，因為勞累會使身體免疫力下降，不利於病情恢復。同時要大量飲水，增加尿量，通過尿液衝刷尿道，可減少病原體在尿道內的停留，減輕炎症。患病期間應禁止性生活，防止交叉感染，將疾病傳染給性伴侶。
3. 局部治療：局部治療可直接作用於病變部位，對非淋菌性尿道炎有一定療效。對於有尿道狹窄的患者，可定期進行尿道擴張術，能改善尿道狹窄情況，使尿液排出通暢，減少因尿液瀦留導致的細菌滋生。還可採用尿道內灌注藥物的方法，藥物直接接觸尿道黏膜，能更有效地殺滅病原體，減輕局部炎症反應。
4. 中醫治療：中醫治療非淋菌性尿道炎從整體出發，調整人體的陰陽平衡和臟腑功能。一些清熱利濕、解毒通淋的中藥方劑，如八正散等，可改善患者尿頻、尿急、尿痛等症狀。中藥的作用機制是通過調節人體的內環境，增強機體的免疫力，提高身體對病原體的抵抗力，從而達到輔助治療疾病的目的。
5. 手術治療：手術治療一般用於非淋菌性尿道炎引發的嚴重併發症，如尿道狹窄嚴重且經尿道擴張等保守治療無效時。通過手術切除狹窄段尿道，重新吻合尿道，恢復尿道的正常結構和功能，使尿液能夠正常排出，從根本上解決因尿道狹窄導致的排尿困難等問題，促進病情的恢復。
治療期間要嚴格按照醫生制定的方案進行，按時按量用藥。保持個人衛生，勤換內褲，避免再次感染。治療後要按要求復查，以便及時瞭解治療效果，若有異常及時調整治療方案。
