線粒體腦肌病可能是遺傳、感染、中毒、營養缺乏、環境因素等，需要針對病因治療，可採取的方法有基因檢測、抗感染、解毒、補充營養、改善環境等。
1. 遺傳：線粒體腦肌病具有遺傳傾向，遺傳物質的缺陷可導致線粒體功能異常引發疾病。對於有家族遺傳史的患者，建議進行基因檢測，明確遺傳類型。若確診為特定基因突變導致，可在專業醫生指導下，嘗試使用輔酶Q10膠囊、艾地苯醌片、左卡尼汀口服溶液，遵醫囑用藥，以改善線粒體功能，緩解症狀。
2. 感染：某些病毒、細菌等病原體感染可能誘發線粒體腦肌病。當發生感染時，積極進行抗感染治療。若是病毒感染，可遵醫囑使用阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊、利巴韋林顆粒；細菌感染則根據藥敏試驗結果，選用合適的抗生素，如阿莫西林膠囊、頭孢克肟片、阿奇霉素分散片等，控制感染，減輕對線粒體的損傷。
3. 中毒：長期接觸某些有毒物質，如重金屬、藥物等，可能損害線粒體功能。首先要脫離中毒環境，清除體內毒物。對於重金屬中毒，可遵醫囑使用二巰丙磺鈉注射液、依地酸鈣鈉注射液、二巰丁二酸膠囊等進行驅毒治療；藥物中毒則根據具體藥物，採取相應的解毒措施。
4. 營養缺乏：維生素B1、B2、B6等營養素缺乏可能影響線粒體的正常代謝。日常飲食中應注意營養均衡，多攝入富含這些營養素的食物。必要時，可遵醫囑補充復合維生素B片、甲鈷胺片、維生素B2片等，以滿足身體對營養的需求，維持線粒體功能。
5. 環境因素：長期處於高溫、高輻射等不良環境中，可能對線粒體造成損害。盡量避免長時間處於此類環境，改善工作和生活環境。若因工作等原因無法避免，可採取相應的防護措施，如穿戴防護服、使用隔熱設備等，減少環境因素對身體的不良影響。
治療期間，要嚴格按照醫生的囑咐按時按量用藥，定期到醫院進行復查，包括身體檢查、血液檢查、影像學檢查等，以便及時瞭解病情變化和治療效果。同時，保持規律的作息和健康的生活方式，有助於身體恢復。
