牙根囊腫的發生可能是牙齒慢性炎症、發育異常、外傷、牙周炎、遺傳等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有根管治療、手術治療等。
1. 牙齒慢性炎症：長期的牙髓炎、根尖周炎等慢性炎症刺激，會導致根尖部的牙周膜內的上皮剩餘增生，進而形成牙根囊腫。對於這種情況，通常先進行根管治療，去除感染的牙髓組織，消除炎症。常用藥物有甲硝唑片、阿莫西林膠囊、布洛芬緩釋膠囊，需遵醫囑用藥。若囊腫較大，根管治療後還需進行手術切除囊腫。
2. 發育異常：在牙齒發育過程中，牙板上皮剩餘或Malassez上皮剩餘可能會發生異常增殖，形成囊腫。一般採取手術切除囊腫，對於較小的囊腫，可在局麻下進行；較大囊腫可能需住院手術。術後注意口腔衛生，避免感染。
3. 外傷：牙齒受到外力撞擊等外傷，可能導致牙髓壞死，炎症擴散至根尖區，引發囊腫。先處理外傷牙齒，如固定鬆動牙齒等，之後進行根管治療控制炎症。可遵醫囑使用頭孢克肟顆粒、奧硝唑片、雙氯芬酸鈉緩釋片。炎症消除後根據囊腫情況決定是否手術。
4. 牙周炎：嚴重的牙周炎會破壞牙周組織，炎症蔓延至根尖，促使囊腫形成。先進行牙周治療，如洗牙、刮治等去除牙結石和菌斑。可遵醫囑口服羅紅霉素膠囊、替硝唑片、人工牛黃甲硝唑膠囊。若囊腫持續存在或增大，考慮手術治療。
5. 遺傳：某些遺傳因素可能使個體易患牙根囊腫。治療方法與其他原因導致的類似，以手術切除為主。對於較小囊腫可密切觀察，定期復查，若囊腫增大則及時手術。
治療後要保持口腔清潔，養成良好的刷牙習慣，使用牙線等輔助清潔工具。飲食上避免食用過硬、過黏食物，防止損傷牙齒和創口。按照醫生要求定期復診，以便及時發現問題並處理。
