細菌過度生長綜合徵可能是腸道動力障礙、小腸結構異常、腸道免疫功能低下、長期使用抗生素、飲食因素等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有促進腸道動力、修復腸道結構、增強免疫、合理使用抗生素、調整飲食等。
1. 腸道動力障礙：腸道蠕動減慢會使細菌在腸道內停留時間延長，易引發過度生長。可通過適當運動，如散步、慢跑等促進腸道蠕動。藥物方面，可使用莫沙必利分散片，能增強胃腸動力；伊托必利片，促進胃排空；曲美布汀片，調節腸道運動節律。均需遵醫囑用藥。
2. 小腸結構異常：如小腸狹窄、憩室等，會導致腸內容物瀦留，利於細菌滋生。對於小腸狹窄，可能需手術擴張或切除病變部位；小腸憩室若引發症狀，也多采取手術切除。術後注意傷口護理，避免感染。
3. 腸道免疫功能低下：身體抵抗力下降時，腸道抵御細菌的能力減弱。可通過補充營養，多攝入富含維生素、蛋白質的食物增強免疫力。也可使用匹多莫德口服液、轉移因子膠囊、脾氨肽口服凍乾粉等藥物提升免疫，遵醫囑服用。
4. 長期使用抗生素：會破壞腸道正常菌群平衡，導致有害菌過度繁殖。需在醫生指導下合理使用抗生素，避免濫用。若已出現菌群失調，可補充雙歧桿菌四聯活菌片、地衣芽孢桿菌活菌膠囊、布拉氏酵母菌散等益生菌制劑，遵醫囑調節腸道菌群。
5. 飲食因素：長期高糖、高脂肪飲食易為細菌提供適宜生長環境。應調整飲食結構，增加膳食纖維攝入，多吃蔬菜、水果、全穀物等。減少高糖、高脂肪食物攝取，保持規律飲食。
日常要保持良好生活習慣，規律作息，避免熬夜，適當運動增強體質。飲食上注意衛生，不吃不潔食物。定期復查，以便及時調整治療方案。
