皮膚黏膜淋巴結綜合徵可能是感染、免疫因素、遺傳易感性等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有抗感染、調節免疫等。
1. 感染：多種病原體感染可能誘發皮膚黏膜淋巴結綜合徵，如病毒如柯薩奇病毒、EB病毒等、細菌如金黃色葡萄球菌等。感染後病原體刺激機體免疫系統，引發異常免疫反應導致疾病發生。治療上可使用抗病毒藥物如利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊，遵醫囑用藥，抑制病毒複製；若合併細菌感染，可選用頭孢克肟顆粒、阿莫西林膠囊、阿奇霉素片等抗生素，遵醫囑使用以控制細菌感染。
2. 免疫因素：自身免疫系統紊亂在發病中起重要作用，免疫系統錯誤攻擊自身組織，導致皮膚、黏膜、淋巴結等部位出現炎症反應。可使用丙種球蛋白靜脈滴注，調節免疫功能；還可遵醫囑使用阿司匹林腸溶片，具有抗炎、抗血小板聚集作用；糖皮質激素如潑尼松片，遵醫囑應用，抑制過度免疫反應。
3. 遺傳易感性：部分患者存在遺傳易感性，某些基因位點的改變可能增加患病風險。對於有家族史的人群，要加強監測。雖無特效預防藥物，但日常注意增強體質，減少感染機會。若發病，治療方案同其他患者，根據病情合理選用上述藥物，嚴格遵醫囑。
治療期間要按要求定期復診，以便醫生及時瞭解病情變化調整治療方案。保證充足休息，避免劇烈運動，減少身體消耗。飲食上給予清淡、易消化且營養豐富的食物，促進身體恢復。
