不存在心臟血栓的最佳治療方法，因為治療方案需依據患者具體情況，如血栓位置、大小、形成時間以及患者身體狀況等綜合考量。
藥物治療是基礎且常用的手段。抗凝藥物能防止血栓進一步擴大，像肝素、華法林等，通過抑制凝血因子的活性，降低血液的凝固性。抗血小板藥物如阿司匹林、氯吡格雷等，可抑制血小板的聚集，減少血栓形成風險。溶栓藥物在特定情況下使用，比如急性心肌梗死伴血栓形成時，能溶解已形成的血栓，恢復血流，但有嚴格的時間窗和使用禁忌。
手術治療適用於部分病情嚴重的患者。血栓切除術直接將心臟內的血栓取出，快速解除堵塞，恢復心臟正常功能，不過手術風險較高。對於因心臟瓣膜病變等導致血栓形成的患者，可能需進行瓣膜置換術，改善心臟結構和功能，降低血栓復發幾率。
介入治療創傷小、恢復快。經皮冠狀動脈介入治療PCI可通過導管將支架置入冠狀動脈，撐開狹窄或堵塞部位，恢復心肌供血，同時可配合血栓抽吸裝置清除血栓。
治療過程中，患者要嚴格按醫生要求用藥，不能自行增減藥量或停藥。保持健康的生活方式，飲食上減少高脂肪、高膽固醇食物攝入，戒煙限酒，適當運動，控制體重。定期復查心臟超聲、凝血功能等指標，以便醫生及時瞭解治療效果，調整治療方案。
