妊娠期間用藥對胚胎發育可能有影響，也可能沒有影響。一般使用對胚胎發育有影響的藥物，通常會干擾胚胎發育。但若使用的是安全性較高的藥物通常不會。
如果在妊娠期間使用對胚胎發育有明確致畸作用的藥物，如沙利度胺片等，或者使用藥物劑量過大，尤其是在胚胎發育的關鍵時期，即孕早期，通常會對胚胎發育產生不良影響，可能導致胎兒畸形、流產等嚴重後果。因為孕早期是胚胎器官分化形成的重要階段，此時胚胎對藥物的敏感性較高，藥物容易干擾胚胎的正常發育過程。
然而，並非所有藥物在妊娠期間使用都會影響胚胎發育，如一些藥物如青霉素類、頭孢菌素類等抗生素，在孕期必要時合理使用，一般對胚胎發育影響較小，因為這些藥物相對安全，不會透過胎盤屏障或對胚胎產生明顯的毒性作用。而且如果在胚胎發育相對穩定的中後期，小劑量使用一些相對安全的藥物，在醫生的指導下進行規範用藥，也不會對胚胎發育造成明顯影響。
如果在妊娠期間需要用藥，一定要及時就醫給出合理的用藥方案和建議，切不可自行用藥，以免對胚胎發育造成不良影響。同時，要按時進行產檢，密切關注胎兒的發育情況。
