生殖器皰疹可選用的中藥有龍膽草、黃柏、板藍根、馬齒莧、薏苡仁等。
1. 龍膽草：具有清熱燥濕、瀉肝膽火的功效。對於生殖器皰疹屬肝經濕熱證型有一定作用，可幫助清除體內濕熱之邪，緩解因濕熱蘊結導致的生殖器部位水皰、糜爛、疼痛等症狀，常與其他清熱利濕解毒藥物配伍使用，以增強療效，改善患者不適。
2. 黃柏：能清熱燥濕、瀉火解毒。其苦寒之性可有效燥濕清熱，針對生殖器皰疹患者體內的濕熱毒邪有抑製作用，有助於減輕局部紅腫熱痛等表現，在臨床配方中常作為重要的清熱燥濕藥物，輔助整體治療。
3. 板藍根：有清熱解毒、涼血利咽的功效。對於生殖器皰疹病毒有一定的抑製作用，可減輕病毒感染引發的炎症反應，緩解局部症狀，常被用於抗病毒治療，在復方中發揮清熱解毒的關鍵作用，促進病情好轉。
4. 馬齒莧：具有清熱解毒、涼血止血、止痢的功效。對皰疹病毒有一定抑制效果，外用可減輕生殖器皰疹局部的紅腫、疼痛，促進水皰的消退，內服也可輔助調節體內濕熱毒邪，是一種較為常用的治療藥物。
5. 薏苡仁：能利水滲濕、健脾止瀉、除痹、排膿、解毒散結。對於生殖器皰疹患者，可通過健脾利濕，改善患者因濕熱內蘊導致的身體困重等症狀，調節機體的水液代謝，輔助其他藥物更好地發揮作用，促進病情的恢復。
中藥治療生殖器皰疹需根據患者具體的症狀、體徵、舌象、脈象等進行辨證論治，合理配伍用藥。同時，在治療期間要注意保持生殖器部位清潔乾燥，避免性生活，防止交叉感染。飲食上避免食用辛辣、油膩、刺激性食物，以免加重體內濕熱之象，影響治療效果。
