尿道疼痛小便刺痛可選擇的藥物有抗生素類、非甾體抗炎藥、α受體阻滯劑、中成藥、抗真菌藥等。
1. 抗生素類：是治療因細菌感染引發尿道疼痛小便刺痛的常用藥物。常見的如左氧氟沙星，能抑制細菌DNA旋轉酶的活性，阻礙細菌DNA複製，從而達到殺菌效果，對大腸桿菌、克雷伯菌屬等引起的泌尿系統感染有很好療效；頭孢克肟也較為常用，通過抑制細菌細胞壁合成發揮抗菌作用，對多種革蘭氏陽性菌和陰性菌都有較強抗菌活性，可有效緩解因細菌感染導致的尿道不適症狀。
2. 非甾體抗炎藥：主要用於緩解尿道疼痛帶來的不適。像布洛芬，通過抑制環氧化酶COX的活性，減少前列腺素合成，從而減輕炎症反應和疼痛感受，能快速緩解尿道疼痛症狀；雙氯芬酸鈉同樣具有強大的抗炎、鎮痛作用，可改善小便刺痛帶來的痛苦，幫助患者在一定程度上減輕身體的不適。
3. α受體阻滯劑：對於因前列腺增生等導致尿道受壓引起的疼痛有一定效果。坦索羅辛能選擇性地阻斷前列腺中的α1A受體，鬆弛前列腺平滑肌，減輕尿道阻力，緩解因前列腺問題導致的小便刺痛和排尿困難；特拉唑嗪也可阻斷α受體，降低尿道、膀胱頸等部位的平滑肌張力，改善排尿症狀和尿道疼痛情況。
4. 中成藥：一些中成藥在改善尿道疼痛小便刺痛方面也有不錯表現。三金片具有清熱解毒、利濕通淋、益腎的功效，可用於下焦濕熱所致的熱淋、小便短赤、淋瀝澀痛等症狀；熱淋清顆粒能清熱瀉火、利水通淋，對尿道炎、膀胱炎等引起的尿道不適有一定治療作用，且副作用相對較小。
5. 抗真菌藥：當尿道疼痛小便刺痛是由真菌感染引起時使用。氟康唑是一種廣譜抗真菌藥，能抑制真菌細胞膜麥角甾醇的生物合成，影響細胞膜的通透性，從而抑制真菌生長，常用於治療白色念珠菌等真菌感染導致的尿道炎症；伊曲康唑也有強大的抗真菌活性，可有效治療多種深部和淺部真菌感染，緩解因真菌引發的尿道疼痛症狀。
用藥時要依據自身具體病因和病情合理選擇藥物。若症狀持續不緩解或加重，應及時就醫，進行詳細檢查，明確病因後在專業醫生指導下規範用藥，避免自行用藥延誤病情。
