小兒腦炎的較佳治療時間是發病早期，常見治療方法有藥物治療、對症治療、康復治療、中醫治療、手術治療等。
1. 藥物治療：針對小兒腦炎，藥物治療能有效抑制病原體生長繁殖，減輕炎症反應。常用藥物有阿昔洛韋注射液，對病毒感染引起的腦炎有較好療效；頭孢曲松鈉注射液，可用於細菌感染導致的腦炎；甘露醇注射液，能降低顱內壓，緩解腦炎引起的腦水腫。均需遵醫囑使用。
2. 對症治療：由於小兒腦炎會引發多種症狀，對症治療可緩解患兒不適。如發熱時使用布洛芬混懸液降溫；驚厥時給予地西泮注射液止驚；有顱內壓增高表現時，可採用脫水劑降低顱內壓。具體用藥及操作需在醫生指導下進行。
3. 康復治療：小兒腦炎可能影響患兒神經功能，康復治療有助於促進神經功能恢復。包括物理治療，如按摩、針灸等，可改善肌肉張力；語言訓練，針對腦炎後出現語言障礙的患兒，提高語言表達能力；運動訓練，幫助患兒恢復肢體運動功能。
4. 中醫治療：中醫治療小兒腦炎有一定輔助作用。可採用中藥方劑，如銀翹散等，能清熱解毒，減輕炎症；還可配合針灸穴位，如針刺百會、風池等穴位，調節氣血，改善患兒症狀。但需由專業中醫師辨證論治後實施。
5. 手術治療：在極少數情況下，如腦炎引起嚴重的腦積水等併發症時，可能需要手術治療。手術方式包括腦室腹腔分流術等，通過手術可改善腦脊液循環，緩解腦積水症狀，但手術有一定風險，需嚴格掌握適應證。
患兒應保證充足休息，居住環境安靜舒適。飲食宜清淡、易消化，多補充水分和營養。密切觀察患兒病情變化，如體溫、神志、肢體活動等，若出現異常，及時就醫。
