一般來說，肛瘻復發期通常在術後1個月至6個月。
肛瘻手術後的創面愈合需要一定時間，在這個過程中，如果局部護理不當、引流不暢或者患者自身抵抗力較差等，都可能導致復發。術後1個月內，創面還處於初步愈合階段，肉芽組織生長，若此時受到糞便等污染，易引發感染導致復發。而1 - 6個月期間，雖然創面大體愈合，但局部的組織修復還不夠完善，肛瘻的瘻管可能存在殘留或者再次形成，尤其是一些複雜肛瘻，復發風險相對較高。
從更廣泛的角度看，肛瘻復發也可能在術後6個月以後。部分患者由於生活習慣不良，如長期飲酒、吃辛辣刺激性食物，導致肛周局部充血，或者存在一些基礎疾病影響了身體的恢復能力，使得肛瘻在較長時間後復發。另外，手術時如果沒有準確找到內口並徹底清除，也是後期復發的重要隱患。
日常應保持肛周清潔，便後及時清洗，避免局部刺激。飲食宜清淡，多吃蔬菜、水果，保持大便通暢。同時，要適當鍛鍊，增強體質，提高自身抵抗力，降低肛瘻復發的風險。
