衡量蛋白質利用率的指標有生物價、蛋白質功效比值、氨基酸評分、淨利用率等。
1. 生物價：反映食物蛋白質消化吸收後，被機體利用程度的指標。生物價越高，表明其被機體利用程度越高，最大值為100。它是通過測定食物蛋白質在體內的氮儲留量與氮吸收量來計算得出的，能較好地反映蛋白質在體內的利用情況。
2. 蛋白質功效比值：是用處於生長階段的幼年動物在實驗期內，其體重增加和攝入蛋白質的量的比值來反映蛋白質營養價值的指標。一般來說，比值越高，說明該蛋白質的營養價值越高，對動物生長的促進作用越明顯。常用於評價食物蛋白質對動物生長髮育的支持能力。
3. 氨基酸評分：也叫蛋白質化學評分，是用被測食物蛋白質的必需氨基酸評分模式和推薦的理想模式或參考蛋白的模式進行比較，找出最缺乏的那種必需氨基酸，即第一限制氨基酸，然後計算出該種氨基酸的實際含量與理想模式中該氨基酸含量的比值，以此來評定蛋白質的營養價值。
4. 淨利用率：表示攝入蛋白質在體內被利用的情況，它把食物蛋白質的消化和利用兩個方面都考慮進去，更全面地反映了蛋白質的實際利用程度。其數值是通過測定食物蛋白質的氮儲留量與氮攝入量來計算得到的。
在評估蛋白質利用率時，要結合多種指標綜合判斷，同時考慮個體的年齡、健康狀況、飲食習慣等因素。對於特殊人群，如患有某些疾病或處於特殊生理階段的人，應根據自身實際情況合理選擇蛋白質來源。
