核磁共振可以診斷中樞神經系統疾病、心血管系統疾病、腹部臟器疾病、骨骼肌肉系統疾病、盆腔疾病等。
1.中樞神經系統疾病：可清晰顯示腦部的結構，對於腦腫瘤、腦梗死、腦出血、腦炎、多發性硬化等疾病的診斷和鑒別診斷有重要價值。能準確判斷病變的位置、大小、形態及與周圍組織的關係，為後續治療方案的制定提供關鍵依據。
2.心血管系統疾病：有助於觀察心臟的形態、結構和功能，對心肌病、冠心病、心臟瓣膜病、先天性心臟病等進行診斷。還能評估血管情況，如血管狹窄、斑塊形成等，輔助診斷主動脈夾層、肺栓塞等血管相關疾病。
3.腹部臟器疾病：對肝臟、膽囊、胰腺、脾臟等腹部臟器的病變診斷效果良好。像肝囊腫、肝血管瘤、肝癌、膽囊炎、膽結石、胰腺炎、胰腺腫瘤等疾病，通過核磁共振成像可發現病變特徵，幫助醫生明確病情。
4.骨骼肌肉系統疾病：能很好地顯示骨骼、肌肉、肌腱、韌帶等結構。對於骨髓炎、骨腫瘤、骨結核、骨折、軟組織損傷、肌肉拉傷、肌腱斷裂等疾病的診斷和病情評估有重要意義。
5.盆腔疾病：在盆腔疾病診斷方面，可用於觀察子宮、附件、膀胱、直腸等器官。對子宮肌瘤、子宮腺肌病、卵巢囊腫、卵巢癌、膀胱癌、直腸癌等疾病的診斷和分期有較大幫助。
進行核磁共振檢查前，要去除身上的金屬物品，如手錶、項鍊、耳環等，體內有金屬植入物的患者需提前告知醫生，因為金屬可能幹擾圖像質量甚至引發危險。檢查時要保持安靜，按照醫生指示配合呼吸，以確保檢查順利進行，獲得準確的檢查結果 。
