衣原體主要分為沙眼衣原體、肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體、獸類衣原體和新衣原體等。
1.沙眼衣原體：是最常見的衣原體類型，主要感染人的眼結膜和泌尿生殖道。在眼部，會引起沙眼，因為沙眼衣原體能夠侵襲眼結膜上皮細胞，在細胞內繁殖，導致眼結膜出現炎症，如結膜充血、乳頭增生、濾泡形成等，嚴重時可引起角膜血管翳，影響視力。
2.肺炎衣原體：主要引起呼吸道感染，可以感染人的上下呼吸道，導致肺炎、支氣管炎、咽炎和鼻竇炎等。肺炎衣原體能夠進入呼吸道上皮細胞，在細胞內生長繁殖，引起炎症反應，出現咳嗽、咳痰、發熱、咽痛等症狀，且感染後症狀可能持續較長時間。
3.鸚鵡熱衣原體：主要在鳥類和人類之間傳播，人在接觸感染的鳥類後可能被感染，引起鸚鵡熱，可通過呼吸道進入人體，在體內擴散，引發高熱、寒戰、頭痛、咳嗽等類似流感的症狀，還可能伴有相對緩脈等特點。
4.獸類衣原體：主要感染動物，不過偶爾也會傳染給人。在動物中可引起流產、肺炎等多種疾病，傳染給人時，也可能導致類似呼吸道感染或其他不明原因的發熱等症狀。
5.新衣原體：其致病性等諸多特性尚未完全明確，但已被發現和一些新的疾病現象可能有關。
預防衣原體感染，要注意個人衛生，如勤洗手，避免接觸感染源。在接觸鳥類等可能攜帶衣原體的動物時要注意防護。如果懷疑感染衣原體，應及時就醫檢查，通過實驗室檢測來確診，並且要按照醫囑進行治療，治療期間避免性行為，防止傳播給他人。
