甲型流感病毒感染潛伏期通常不會咳嗽。
甲型流感病毒感染人體後，有一段病毒在體內繁殖但尚未引發明顯症狀的時期，這就是潛伏期，一般為1 - 4天。在潛伏期內，病毒主要在呼吸道上皮細胞中不斷複製，此時免疫系統雖已開始察覺，但還未引發強烈的免疫反應，炎症程度較輕，所以通常不會刺激呼吸道引發咳嗽症狀。
咳嗽往往是在病毒大量繁殖，免疫系統被充分激活後才出現。當免疫系統與病毒激烈對抗，呼吸道黏膜會出現炎症、水腫，分泌物增多，這些刺激呼吸道的感受器，通過神經傳導到大腦咳嗽中樞，進而引發咳嗽反射，以清除呼吸道內的分泌物和病原體。
不過，個體之間存在差異，少數人在潛伏期可能因自身較為敏感，或者本身存在一些基礎呼吸道疾病，即使病毒感染初期，呼吸道也可能出現輕微反應，從而有咳嗽表現，但這種情況相對少見。
感染甲型流感病毒後，無論是否處於潛伏期，都應密切關注自身症狀變化。多休息、多喝水，保持室內空氣流通。若出現發熱、咳嗽加重、呼吸困難等症狀，應及時就醫，按照醫生的診斷和建議進行治療，不要自行隨意用藥，以免延誤病情。
