一般情況下，肛瘻手術後疼痛持續時間在7到21天。
肛瘻手術的疼痛時間受多種因素影響。手術方式是重要因素之一，比如傳統的肛瘻切開術，創面相對較大，恢復時間較長，疼痛可能會持續15到21天；而採用肛瘻掛線術，對組織的損傷相對較小，疼痛通常會在7到15天逐漸緩解。另外，患者自身的恢復能力也會影響疼痛時長，年輕、體質好的患者恢復較快，疼痛時間可能更接近7天；而年老體弱、有基礎疾病的患者，疼痛可能會持續接近21天。
從創面大小來看，肛瘻複雜程度高、創面大的，愈合過程長，疼痛時間也會相應延長。而且術後的護理情況對疼痛持續時間也有影響，若護理得當，能減少感染等併發症的發生，疼痛也會較快減輕。
術後要保持肛門清潔，每次排便後用溫水清洗，避免糞便殘留刺激創面。飲食上多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢，防止便秘或腹瀉加重疼痛。同時，要避免久坐、久站，適當活動，若出現出血、發熱等異常情況，應及時就醫。
