扁平疣色素沈著主要採取一般治療、外用藥物、口服藥物、激光治療、化學剝脫術。如果色素沈著長時間不消退或伴有其他異常症狀，應及時就醫，以便醫生評估並制定合適的治療方案。
1.一般治療：應該多吃蔬菜水果，尤其是多吃富含維生素C的水果，例如檸檬、橙子等，並且可使用含有煙酰胺、傳明酸等成分的美白精華液，長期使用有助於均勻膚色、淡化色素。
2.外用藥物：可遵醫囑使用氫醌乳膏，能抑制酪氨酸酶活性，減少黑色素生成；維A酸乳膏也有一定效果，可促進表皮細胞更新，幫助淡化色素，一般需堅持使用一段時間才能看到明顯效果。
3.口服藥物：遵醫囑服用維生素C咀嚼片、維生素E軟膠囊等，其中維生素C咀嚼片具有抗氧化作用，能抑制黑色素合成，維生素E軟膠囊可增強維生素C咀嚼片的效果，同時保護皮膚免受自由基損傷。
4.激光治療：如調Q激光，通過高能量激光光束擊碎皮膚中的色素顆粒，使其被身體自然代謝吸收，從而減輕色素沈著，但可能需要多次治療，且治療後要注意防曬和皮膚護理。
5.化學剝脫術：常用的有果酸換膚，利用果酸促使皮膚角質層脫落，加速黑色素排出，改善色素沈著，但治療後皮膚會較敏感，需嚴格防曬和做好保濕。
日常要注意嚴格防曬，避免紫外線刺激加重色素沈著，外出時塗抹防曬霜、戴帽子、打遮陽傘等。
