肛瘻手術通常局麻即可，但也有部分情況會採用全麻。
局麻在肛瘻手術中應用較為廣泛。一方面，局麻操作相對簡單，通過在肛瘻周圍注射麻醉藥物，能有效阻滯局部神經傳導，使手術部位失去痛覺。這樣在手術過程中，患者能保持清醒，可隨時與醫生配合，醫生也能根據患者的反應及時調整操作。而且局麻對患者的生理功能幹擾較小，術後恢復相對較快，麻醉相關的併發症也相對較少。
在某些特殊情況下會考慮全麻。比如患者對疼痛極為敏感，心理上對手術存在過度恐懼，難以配合局麻下的手術操作；或者肛瘻情況較為複雜，手術時間預計較長，局麻可能無法保證手術全程的無痛效果，此時全麻就更為合適。全麻能讓患者在整個手術過程中處於無意識狀態，完全消除緊張和疼痛的感覺，使手術得以順利進行。
全麻也有一定的風險，如麻醉藥物過敏、呼吸抑制等，術後恢復時間相對局麻也會稍長一些。醫生會在手術前綜合評估患者的具體情況，包括身體狀況、肛瘻的複雜程度等，來選擇最適合患者的麻醉方式。
