通常情況下，巧克力囊腫對懷孕有影響。
巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種常見類型。正常情況下，子宮內膜應該在子宮腔內生長，隨著月經週期發生週期性的脫落形成月經。但在巧克力囊腫患者中，子宮內膜組織出現在了卵巢等部位，這些異位的內膜也會隨著月經週期出血，但是無法像正常月經那樣排出體外，就會在局部積聚形成囊腫。
巧克力囊腫對懷孕產生影響主要有幾方面原因。一方面，囊腫的存在可能會影響卵巢的正常功能，干擾卵泡的發育和排卵。卵巢是產生卵子的重要器官，排卵異常就會減少受孕的機會。另一方面，囊腫可能會引起盆腔粘連，改變盆腔內的解剖結構，影響輸卵管的拾卵和運輸功能，使得卵子和精子難以相遇結合，或者受精卵難以順利進入子宮腔著床。巧克力囊腫還可能影響盆腔內的微環境，對胚胎的著床和發育產生不利影響。
不過，也有部分巧克力囊腫患者能夠自然懷孕。如果囊腫較小，對卵巢和輸卵管的功能影響相對較小，懷孕的可能性還是存在的。
對於有巧克力囊腫且有生育需求的女性，應及時就醫評估病情，根據囊腫的大小、症狀等情況，在醫生的指導下選擇合適的治療方案，如藥物治療或手術治療等，同時保持良好的生活習慣和心態。
