通常情況下，腸鏡消毒是比較徹底的。
腸鏡檢查是一種比較徹底的侵入性檢查方法，為了避免交叉感染，腸鏡的消毒至關重要。目前，醫院對於腸鏡的消毒有嚴格的規範和流程。一般採用高水平消毒或滅菌的方法。高水平消毒通常使用含氯消毒劑、過氧乙酸等化學消毒劑，這些消毒劑能夠有效殺滅各種細菌、病毒、真菌等病原微生物。滅菌則多采用環氧乙烷氣體滅菌等方式，能徹底消滅包括芽孢在內的一切微生物。
在實際操作中，腸鏡使用後會立即進行初步的清洗，去除表面的污垢和有機物，然後按照規定的消毒程序進行嚴格消毒或滅菌處理。並且，醫院會定期對消毒效果進行監測，通過化學監測、生物監測等多種方式，確保消毒達到預期的效果。
當腸鏡消毒徹底時，能最大程度地保障患者的安全。比如，在進行腸鏡檢查時，可有效防止上一位患者攜帶的病原體傳染給下一位患者，避免因檢查器械而引發的醫源性感染，像腸道傳染病、經血液傳播的疾病等都能得到很好的防控。
在接受腸鏡檢查時，應選擇正規的醫療機構。正規醫院有完善的消毒設備和專業的人員，能嚴格按照規範進行腸鏡的消毒。同時，患者也可適當瞭解醫院的消毒流程和監測情況，以增加自身的安全感。
