巧克力囊腫的根治方法主要包括藥物治療和手術治療。
藥物治療是首選的非侵入性治療方法。常用的藥物有口服避孕藥、黃體酮類藥物和促性腺激素釋放激素類似物（GnRH類似物）。這些藥物可以抑制卵巢功能，減少雌激素的產生，從而控制病情的發展。但是，藥物治療只能暫時緩解症狀，不能根治疾病。
手術治療是根治巧克力囊腫的主要方法。手術方式主要有腹腔鏡手術和開腹手術。腹腔鏡手術創傷小，恢復快，是目前最常用的手術方式。手術的目的是盡可能地切除所有的異位內膜組織，以防止病情復發。但是，手術並不能保證100%的治癒率，因為有些微小的異位內膜組織可能無法被完全切除。
巧克力囊腫的根治需要綜合考慮患者的年齡、病情嚴重程度、生育需求等因素，選擇最適合的治療方法。在治療過程中，患者還需要定期復查。
