3個月寶寶個子矮可能是家族遺傳、餵養不當、缺鈣、胃腸功能紊亂、急性胃腸炎等原因引起的，建議及時去醫院進行檢查，明確病因以後再治療。
1.家族遺傳：如果寶寶的父母雙方都存在個子較矮的情況，此時寶寶的體內會攜帶對應的遺傳基因，也可能會出現個子偏矮的症狀。一般是不需要特殊治療，但是要定期去醫院體檢，及時關注身體的生長髮育情況。
2.餵養不當：如果家長不注意寶寶的餵養，沒有定期給寶寶添加食物，導致體內的營養攝入不足，可能會影響身體的生長，出現個子矮的症狀。要調整飲食結構，養成少食多餐的習慣，還可以適當添加蛋白質含量較高的奶粉，能夠為身體補充所需要的營養。
3.缺鈣：多數是體內的鈣攝入不足引起的，如果未在醫生的指導下進行治療，可能會影響到骨骼的正常生長，還可能會出現個子較矮、生長緩慢等情況。可以適當添加鈣含量偏高的奶粉，也可以配合醫生使用葡萄糖酸鈣口服溶液、乳酸鈣顆粒、碳酸鈣D3顆粒等藥物進行治療，達到補鈣的效果。
4.胃腸功能紊亂：通常是不良的飲食習慣造成的，可能會增加胃腸負擔，還可能會導致腸道菌群紊亂，出現寶寶個子矮、腹部疼痛等症狀。建議通過順時針按摩腹部的方式改善，還要控制好力度，也可以在醫生的指導下使用枯草桿菌二聯活菌顆粒、雙歧桿菌三聯活菌散、乳酸菌素顆粒等藥物治療，調節腸道菌群，輔助控制疾病發展。
5.急性胃腸炎：一般是誤喝了已經變質的奶粉或者是乳汁造成的，可能會使腸道器官受到細菌感染，也有可能會刺激胃腸黏膜，出現腹部刺痛、嘔吐、腹瀉、個子矮等情況。要及時補充水分，加速毒素代謝，也可以遵醫囑使用阿莫西林顆粒、蒙脫石散、羅紅霉素顆粒等藥物治療，減輕疾病反應。
在日常生活中，家長一定要注意寶寶的餵養，輔助促進身體生長。
