臨床並沒有治療慢性再生障礙性貧血的首選藥物是甚麼的說法，患者的病情不同，選擇的藥物類型也不相同。可遵照醫囑用硫酸亞鐵片、匹多莫德顆粒、醋酸潑尼松片、十一酸睪酮軟膠囊、酸消旋山莨菪鹼注射液等藥物治療。
1.硫酸亞鐵片：是礦物質類的非處方藥物，其主要成分為硫酸亞鐵，可以補充鐵元素並輔助改善慢性再生障礙性貧血造成的面色蒼白、全身乏力、食慾不振、頭暈、耳鳴等症狀。患者可選擇在飯後用藥，一般用藥劑量為一次1片、一日3次。
2.匹多莫德顆粒：屬於免疫調節劑，受造血乾細胞損傷的影響，患者免疫機能容易下降，可能會出現各類感染性疾病。該藥物能輔助提高患者免疫機能，降低感染性疾病發病幾率。其屬於處方藥物，具體用藥劑量和服用方式應聽從醫生建議選擇。由於該藥物可能會對胃腸道造成刺激，所以患者可選擇飯後用溫水送服。
3.醋酸潑尼松片：屬於糖皮質激素藥物的一種，對機體代謝和免疫功能起到了重要調節作用，進入體內後也可起到抗炎、解熱鎮痛、抗過敏等效果，可預防和緩解免疫性炎症反應。可遵照醫囑用藥，注意對本品及腎上腺皮質激素類藥物有過敏史患者需禁用。如果用藥期間出現過敏反應，如皮膚發紅、紅疹或風團形成等，應立即停止用藥並就醫咨詢，必要時更換治療方案。
4.十一酸睪酮軟膠囊：屬於性激素類藥物，其能夠促進造血乾細胞的增殖和分化、促進白蛋白合成，同時也可提高腎臟促紅細胞素的生成和釋放作用。患者在用藥前應將自身年齡、疾病史詳細告知醫生，遵照醫囑選擇適合的劑量服用，有水腫傾向的腎臟病、心臟病患者需慎用。
5.鹽酸消旋山莨菪鹼注射液：屬於骨髓興奮劑的一種，該藥物能夠解除骨髓微環境的血管痙攣，並調整局部血流灌注，進而改善造血功能。其屬於處方藥物，一般需要肌肉注射給藥。在用藥期間，患者飲食應以清淡為主，避免吃辛辣刺激性食物，如酒精性飲品、辣椒、洋蔥、濃茶、咖啡等。
疾病治療期間，應遵照醫囑定期復查，觀察病情具體控制情況。
